Деплеция кДНК – удаление нецелевых выборочных транскриптов из образцов ДНК – позволяет повысить эффективность функционального скрининга и выявление новых мишеней, обладающих искомой активностью. Деплеция сопровождается частичной (или полной, по запросу) нормализацией кДНК, что приводит так же к снижению уровня высокопредставленных транскриптов в образце.

Синтез и амплификация кДНК осуществляют с помощью технологии Mint. Амплифицированную кДНК, обогащенную полноразмерными последовательностями, используют для удаления уже известных транскриптов (до 50 различных последовательностей) с помощью метода, основанного на свойствах дуплекс-специфической нуклеазы (Bogdanova et al., Mol Biotechnol. 2009 41(3):247-53). Эффективность деплеции контролируют с помощью ПЦР. После изоляции пула длинных транскриптов путем фракционирования библиотеку клонируют в стандартный плазмидный вектор по сайтам рестрикции SfiIA - SfiIB, SrfI - NotI или AscI - NotI. Для контроля качества клонирования определяют процент рекомбинантов и средний размер вставки для 22 случайно отобранных клонов.

Для амплификации первичные библиотеки рассевают в 5 плашках (25x25 см, примерно 10⁵ колоний на плашку); клоны смывают LB-средой с ампицилином; к амплифицированным библиотекам добавляют глицерин до конечной концентрации 17%. Хранение полученных библиотек кДНК осуществляют при –70°C.