- Цитирование

Сравнение популяций транскриптов осуществляется с помощью высокоэффективного метода супрессионной вычитающей гибридизации (SSH). Вычтенные образцы кДНК обогащены дифференциально экспрессирующимися последовательностями и могут быть использованы для приготовления вычтенных библиотек кДНК, секвенирования, дифференциального скрининга, приготовления чипов.

Для приготовления библиотек вычтенные образцы кДНК клонируют в стандартный плазмидный вектор и трансформируют в E. coli. С помощью дифференциального скрининга оценивают качество клонирования и процент дифференциальных клонов.

В качестве стартового материала может быть использована тотальная или поли(А)+ РНК эукариотческих организмов или тотальная РНК из прокариот.

При необходимости вычитающую гибридизацию дополняют зеркально-ориентированной селекцией (MOS) для удаления из образцов ложно-позитивных последовательностей.

Использование MOS рекомендуется:

- при сравнении образцов РНК с высокой сложностью (например, РНК из мозга млекопитающих);

- при сравнении высокосхожих образцов РНК;

- в случаях, когда первая амплификация вычтенных образцов требует более 30 циклов ПЦР для получения видимого продукта;

- в случаях, когда процент дифференциально распределенных клонов очень низок (например, 1-5%);

- в случаях, когда в вычтенных библиотеках обнаруживается высокий процент ложно-позитивных клонов.